お菓子や冷菓・飲料、ビフィズス菌入りのヨーグルトなどの食料品事業を手掛け、赤い箱の栄養菓子のグリコのイラストが有名な大阪府大阪市に本社を置く江崎グリコ株式会社（創業：1922年（大正11年））が制定。
ビフィズス菌は、善玉菌の代表として知られています。腸内には、善玉菌、悪玉菌、日和見菌の3種類の菌が共存しています。善玉菌は、腸内環境を整え、健康を維持する働きがあるとされています。
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「ビフィズス菌の日」の目的は、善玉菌の代表であるビフィズス菌の重要性について、多くの人に知ってもらうことです。また、ビフィズス菌入りの食品を食べて、おなかの健康を維持し、健康的な生活を送ってもらうための啓発活動を行うことも目的としています。
日付は1899年12月2日にフランスの小児科医のアンリ・ティシェ氏が、パリの生物学会でビフィズス菌の発見を発表したことに由来しています。