菓子や冷菓の製造や販売、牛乳や乳製品を中心にさまざまな食品を製造販売を手がける、森永乳業株式会社（創業：1917年（大正6年）9月1日）が制定。
大腸の健康を啓発する「大腸を考える日」は1960年代から同社は大腸にすんでいるビフィズス菌の研究に取り組んでおり、大腸の健康に対する重要性を広く伝えていくことを目指している。
大腸は、消化器官の末端に位置する器官であり、食べ物の消化・吸収を終えた残りの物質を排泄する役割を担っている。また、大腸には腸内細菌叢（腸内フローラ）と呼ばれる、数百種類、数兆個にも及ぶ細菌が存在している。腸内フローラは、ビタミンや短鎖脂肪酸の生成、免疫機能の向上、肥満や生活習慣病の予防・改善など、さまざまな健康に役立つ働きを行っている。
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近年の研究により、大腸の健康と腸内フローラのバランスが密接に関連していることが明らかになっている。大腸の健康を維持するためには、腸内フローラのバランスを整えることが重要である。
このことから、健康の鍵である大腸の役割や、大腸の健康に関するSNSやその他情報発信やイベント開催などを通じて、国民に大腸の健康の重要性を理解してもらうことを目指している。
日付は大腸の形が数字の９が似ていることと、「腸内フロ（２６）ーラ」の語呂を組み合わせて9月26日としたもの。