長崎県佐世保市に本社を置き、九州を中心により美味しい菓子創り、新しい食文化に挑戦し創造に取り組みお客様に喜びを提供、菓子の製造ならびに販売する株式会社九十九島グループ（創業：1948年・昭和23年）が制定。
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「九十九島せんぺい」は創業者の「世の中にない、新しい郷土の名物をつくりたい」との想いから試行錯誤の末に誕生したもので、西海国立公園の九十九島をモチーフとした焼菓子。
形は縁起物の亀甲型をヒントから由来し、散りばめたピーナッツは九十九島の島々を表現している。表面にはメレンゲを使って「九十九島」の白い文字が刻印されている。
製造方法は1953年にその製法の特許が取得されている。
そんな「九十九島せんぺい」を地元の銘菓として次の世代にも知ってもらうのが目的。
日付は９と１９で「く（９）じゅうく（１９）＝九十九」と読む語呂合わせから9月19日に。
「せんべい」ではなく半濁音の「せんぺい」となっている由来は、ホームページで2つの説が紹介されていました。（※現在は乗っていません）
・米粉で作られていないため
・九州地方の方言