1871年（明治4年）の9月12日（旧暦の7月28日）、明治政府内の兵部省海軍部に水路局が設置されたことに由来して、運輸省水路部（現：海上保安庁：海洋情報部）が制定。
水路局は、当時の日本にとって、国家の安全保障と経済発展に欠かせない存在でした。新政府は、自ら測量して海図を作成することが重要であると判断し、水路局を設置したのです。水路局の設立により、日本は近代的な海図の作成を本格的に開始することができました。
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当初は、旧暦の日付をそのまま新暦に適用した7月28日を記念日としていました。しかし、1971年に、新暦に換算した9月12日を記念日とするように変更されました。
水路記念日には、水路業務を広く人々に理解してもらうために、展示会や講演会などのイベントが開催されています。
水路業務は、海上交通の安全や海洋開発に欠かせないものです。水路記念日を通じて、水路業務の重要性について理解を深め、その発展に貢献することが期待されています。